Митрополит Петар је као захумско-херцеговачки епископ унео у Херцеговину дух мира и утехе за српски православни народ на тим светосавским и световасилијевским просторима. Митрополит се храбро борио за верску аутономију Срба у Аустро-Угарској, која је била озбиљно нарушена. Био је велики патриота те је и на тај начин стекао велику подршку српског народа.
Његов долазак у Српску Босну означио је јачање верске активности, што је нешто касније резултирало и верском аутономијом српског православног народа. Био је Архијереј Српске Цркве у времену када је римокатоличка црква појачала прозелитизам у тим крајевима. Његово држање је у многоме представљало утеху за српски народ у времену анексије Босне 1908. и Првог светског рата 1914. године. Одликован је Орденом Светог Саве првог степена, Белим орлом другог реда и Карађорђевом звездом. Други светски рат га је затекао на дужности дабро-босанског митрополита у Сарајеву. С обзиром да је Сарајево било бомбардовано у априлском рату, митрополит Петар се привремено склонио у манастир Свете Тројице код Пљеваља, где је остао до другог дана Васкрса 1941. године, када се вратио у Сарајево. Међутим, тада су у Сарајеву и другим градовима увелико трајала хапшења и убијања Срба. Многи су му предлагали да привремено напусти Митрополију и пређе у Србију или Црну Гору. Он је све предлоге такве врсте одбио речима: Ја сам народни пастир те ме веже дужност, где сам делио добро са народом, да исто тако и зло са народом подносим и поделим, и према томе мора се са народом судбина делити и остати на своме месту.
Немачка патрола, која је бројала шест официра и војника, упала је у зграду Митрополије 27. априла 1941. године. Имали су задатак да претресу Митрополију. Један немачки официр му је том приликом рекао: "Јесте ли Ви тај митрополит који је захтевао рат са Немачком?" и нагласио је да би га због таквог става требало убити.
Митрополит Петар му је на то одговорио: Господине, Ви се љуто варате. Ми нисмо за рат криви. Ми никога нисмо напали, али се немојте варати, ми се не дамо поубијати. Ми нисмо кап воде која се да прогутати него народ који има право на живот!
Митрополит је, с обзиром да је тумач лоше превео његов одговор немачком официру, поновио одговор на чистом немачком језику што је Немце изненадило. Они су после кратког времена напустили Митрополију не извршивши претрес. Митрополита је почетком маја 1941. године телефоном позвао католички фратар Божидар Брале, који је био наименован за усташког повереника за Босну и Херцеговину, и саопштио му наредбу да у току истог дана нареди свим својим свештеницима и црквеним општинама да више не употребљавају ћирилично писмо и да промене печате на латиницу, а да ће, уколико то не изврши у наведеном року, бити позван на одговорност. Митрополит му је на то одговорио:
Ћирилово писмо се не може укинути за 24 часа, а осим тога, рат није завршен!
Овакав став митрополита Петра представљао је повод за његово хапшење, које се догодило 12. маја 1941. године. Митрополит је, пре него што је ухапшен, позвао своје свештенике ради давања упутстава о даљем раду. Неки свештеници су га питали да се привремено склоне у Србију, али митрополит им је рекао: "Останите са својим парохијанима, па шта буде народу нека буде и вама". Сви свештеници су га послушали. Многи од њих су касније мученички пострадали, а неки су дочекали крај рата те су сведочили о држању митрополита Петра у тим тешким данима.
Дана 12. маја 1941. године у 16,30 часова у митрополију су дошли усташки агенти и саопштили су да митрополит Петар мора одмах да крене са њима у "равнатељство" ради саслушања. У "равнатељству" је задржан три дана. Дана 15. маја, Митрополит је у пратњи двојице усташких агената дошао у Митрополију, узео неке личне ствари и саопштио је да га воде у Загреб. У Загреб је приведен 17. маја увече и затворен је у полицијски затвор у Петрињској улици, у ћелију број 34 на трећем спрату. Са њим су били затворени и прота Милан Божић, др Душан Јефтановић и др Воја Бесаревић. Сутрадан су га фотографисали и узели му отиске прстију. У усташкој картотеци је заведен под бројем 29781. Одатле је после неколико дана спроведен у логор Керестинац код Самобора. У Керестинцу су му обријали браду, скинули мантију и страшно га мучили. Одатле је спроведен у Копривницу, а потом у у Госпић или Јасеновац. У подацима Комисије за прикупљање података о страдању Срба у Другом светском рату постоје сведочанства, која су дали Јова Фуртула и Јова Лубура из сарајевског среза. Према тим сведочењима, митрополит Петар је после великог мучења убијен у Јасеновцу, а потом је бачен у ужарену пећ за печење цигле. Митрополит Петар је у тешким данима српске историје непрестано бдио над богоповереним му народом, а потом је поделио судбину свога народа, коме је у Христу служио.
Епископ др Атанасије Јевтић, наследник митрополита Петра Мученика на трону захумско-херцеговачких епископа, у својој књизи "Српска Црква у Другом светском рату" навео је да је Свети Архијерејски Синод СПЦ својом представком број 86 из 1941. године тражио од Комесаријата Министарства правде, а потом и од Министра правде да се путем немачких војних власти ослободе затвора и интернације Његово Високопреосвештенство Митрополит дабро-босански Господин Петар Зимоњић и Његово Преосвештенство Епископ горњокарловачки Господин Сава Трлајић. Дана 20. септембра 1941. године под бројем 2015 упућена је представка Фелдкомандантури бр. 599 у Београду којом је такође тражено да се Митрополит Петар и Епископ Сава пусте из интернације. Под бројем 322 од 17. фебруара 1941. године достављена је путем Претседништва владе представка Светог Архијерејског Синода заповеднику Србије ради обавештења о судбини Високопреосвећеног Митрополита дабро-босанског Петра и Преосвећеног Епископа горњокарловачког Саве и о њиховом ослобођењу из интернације уколико су још у животу. Истим актом умољени су Г. Г. Министар правде и Министар унутрашњих послова да се заузму за што скорије избављење представника Српске Цркве. Претседништво Министарског савета Обр. 828 од 24. априла 1942. године одговорило је да је штаб командујућег генерала и Заповедника у Србији саопштио да се на основу извештаја усташке надзорне службе Митрополит Петар и Епископ Сава не налазе ни у једном од концентрационих и радних логора у Хрватској и да се други подаци о њиховом боравку нису могли утврдити. Свети Архијерејски Синод се и после тога у више махова интересовао за њихову судбину али без икаквог успеха (В. Бр. 322 и Пов. бр. 425 из 1942. године). После завршетка Другог светског рата, сазнала се права истина о страдању и великом мучеништву митрополита Петра Зимоњића.
